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甲公司将5000元保证金退还给李某。

仲裁庭经审理查明，双方签订的《租赁合同》均系甲公司起草的重复使用的格式合同，在续签合同时甲公司变更了原合同条款而未提请李某注意，没有尽到提醒注意的合同义务。仲裁庭认为根据《中华人民共和国民法典》第四百九十八条规定，对格式条款的理解发生争议的，应当按照通常理解予以解释，对格式条款有两种以上解释的，应当作出不利于提供格式条款一方的解释。格式条款和非格式条款不一致的，应当采用非格式条款。案涉《租赁合同》中的管理费用条款为格式条款，对该条款的理解发生了争议，甲公司作为提供格式条款的一方，应当作出不利于甲公司的解释。李某认为该5000元为保证金的理解是合乎常理的，故仲裁庭认定5000元为保证金，甲公司应将5000元退还给李某。

再续签合同时，百姓也一定要谨慎，也要仔细认真阅读合同中的条款，对于提供合同文本一方应尽的提示义务也要注意提示，避免因疏忽而引起纠纷。从事民事活动，应秉持诚实，恪守承诺，加强诚信意识及责任意识，一定要严格遵守法律规定并按照合同的约定行使权利、履行义务，否则将承担相应的责任。