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（一）关于A公司是否应当支付B公司工程款及是否应给付逾期付款利息问题。本案中，A公司和B公司签订的《通信工程施工协议》中明确约定了工程款的计算方式以及付款时间。B公司已按协议约定如期完成施工，并向A公司开具了总工程款400万元的增值税专用发票，A公司应当按照双方约定足额向B公司支付工程款。因此，B公司主张A公司支付工程款20万元的仲裁请求，仲裁庭予以支持。由于B公司施工过程中剪断光缆，使A公司受到行政处罚，双方对于A公司因此所受到的损失产生争议，A公司在此争议未解决前有权拒付剩余工程款，因此B公司主张A公司应给付逾期付款违约金的请求，仲裁庭不予支持。

（二）关于A公司反请求B公司承担违约金的问题。B公司确在施工过程中剪断光缆，使A公司受到行政处罚，并产生实际损失1万元。根据协议约定，B公司在施工过程中发生安全事故，已经构成严重违约，应当承担违约责任。双方在协议中约定的罚款属于违约金性质，虽未确定违约金的具体金额，但约定了视情况承担1万元以上5万元以下违约金。考虑到因本次事故给A公司造成的经济损失和一定的不良影响，仲裁庭酌定B公司按A公司实际损失的双倍向其支付违约金，即2万元。

合同签订后，通常是合同双方均享有权利和承担义务，合同双方应按照诚实信任原则履行合同义务。如在履行合同过程中因违约行为造成另一方损失，应承担相应违约责任。提醒百姓在签订合同时，还要注意违约金计算方式、金额尽量约定详细，以免发生纠纷后违约金数额确定困难。